فنظرًا لكون التربية الإسلامية تستمد محتواها من الدين الإسلامي ذاته، والقرآن الكريم، والسنة النبوية؛ لذلك تتميز التربية الإسلامية ببعض الخصائص المميزة لها:

الخاصية الأولى: الطبيعة الإلهية؛ حيث تعد من الثوابت التي يجب أن تتضمنها مادة التربية الإسلامية.

الخاصية الثانية: التكامل؛ فعلى الرغم من تعدد فروع مادة التربية الإسلامية: القرآن، والحديث، والعبادات، والفقه، وغيرها إلا أنها جميعا يربط بينها دستور واحد هو القرآن الكريم. والربط بين جوانب الحياة المختلفة، والعقيدة بهدف إعداد متعلم متوازن.

الخاصية الثالثة: الواقعية؛ حيث تراعي الطبيعة الفطرية؛ ولذلك هي طبيعية؛ حيث تتناسب مع طبيعة البشر، كما أنها راعت فطرة البشر أيضًا.

الخاصية الرابعة: العالمية؛ أي مناسبتها لكل زمان ومكان.

الخاصية الخامسة: الجمع بين ما هو ثابت، مثل: الأحكام، وما هو مرن، ومثال ذلك: استيعابها لحاجات العصر، وللقضايا الحديثة، وللنوازل الجديدة.

ونذكر العلاقة بين المنهج الدراسي للعلوم الإسلامية وطرق التدريس، فنظرا لكون الدين الإسلامي محوره الرئيسي الإنسان، وينشد سعادته الدنيوية، والدينية، وكذلك سعادته في الآخرة، جاءت أحكامه تهدف إلى إصلاح العلاقة بين الفرد وربه، والفرد والمجتمع الذي يعيش فيه. لذلك؛ فإن منهج العلوم الإسلامية يتضمن العديد من المفاهيم الدينية الأساسية المرتبطة بالعقيدة والشريعة، ثم يشتق منها مفاهيم فرعية متتابعة، يتم تحليلها لمفاهيم بسيطة، ثم تبسيط تلك المفاهيم إلى مفاهيم أكثر بساطة؛ حتى يتكون لدى المتعلم خريطة مفاهيم ذات ارتباط بطبيعة المادة، والمحتوى في ظل التربية الإسلامية، ونظرا لطبيعة المادة، وتنوع فروعها، وهي: مادة التربية الإسلامية، وطبيعة متطلبات كل مرحلة لنمو الطفل، أو المتعلم، والترابط بين المنهج، والمحتوى المقدم به. ولذلك؛ فإن طريقة التدريس تختلف وفق متطلبات المادة، والمحتوى، ووفق أيضًا المرحلة العمرية، ومرحلة النمو لكل متعلم ودارس.