صنف الإمام الترمذي كتابه (السنن) على الأبواب الفقهية، فقسم كتابه السنن إلى كتب، وقسم كل كتاب إلى أبواب، وأورد في كل باب من الأحاديث المرفوعة والآثار ما يَستدل به لترجمة الباب.

كما يذكر مذاهب أهل العلم من الصحابة رضي الله عنهم والتابعين، ومن جاء بعدهم من الأئمة المتبوعين في الاستدلال بالأحاديث التي يُخرِّجها في سننه، كما أنه يتعقب الأحاديث التي يخرجها في سننه، فيحكم عليها إما بالصحة أو الحسن، وقد يجمع في حكمه على الحديث بين الوصفين، فيقول: هذا حديث حسن صحيح، وقد يقول: هذا حديث حسن غريب، وقد يقول: هذا حديث ضعيف أو منكر، إلى غير ذلك من الأحكام التي تليق بحال الحديث، وقد يتعقب الرواة فيحكم على الراوي بالضعف، إلى غير ذلك من فوائد عظيمة التي ضمنها كتابه (السنن).

وكما يطلق على كتابه (سنن الإمام الترمذي)، فيطلق عليه بعض العلماء (جامع الترمذي) كما أطلق عليه بعض العلماء (صحيح الترمذي) وقد أكثر الإمام الترمذي من ذكر الحسن في سننه، وإن كان معروفًا عند مشايخه ومشايخ مشايخه كما سبق، حتى قال ابن الصلاح: “كتاب أبي عيسى الترمذي -رحمه الله تعالى- أصل في معرفة الحديث الحسن، وهو الذي نَوَّه باسمه وأكثر من ذكره، ويوجد في متفرقات من كلام بعض مشايخه، كالإمام أحمد والطبقة التي قبله”.

ملحوظة هامة: ينبغي أن يتنبه طالب العلم إلى أن حكم الإمام الترمذي على الأحاديث في سننه يختلف من نسخة لأخرى، لذلك إذا أراد طالب العلم معرفة حكم الترمذي على الحديث فعليه أن يجمع النسخ، وأن يراجع حكم الإمام الترمذي فيها مجتمعة، ويعتمد ما اتفقت عليه النسخ أو معظمها، ولا يعتمد على نسخة واحدة.